简单总结：
生产环节方面, 农业生产者销售自产的初级农产品, 免征增值税, 农民专业合作社销售自产初级农产品, 同样免征增值税, 然而其他纳税人并不享受此项免税政策, 依据纳税人身份的差异不同, 增值税税率存在三种情况, 分别为9%, 还有3%, 另一种是1%。
流通环节方面, 对于蔬菜以及部分鲜活肉蛋产品而言, 其批发环节和零售环节是免征增值税的, 然而, 除了上述这些之外的其他农产品流通环节, 增值税税率是9%, 或者3%, 又或者1%。
要注意, 初级农产品的范围是严格依照财政部、税务总局公告2026年第9号《农业产品征税范围注释》来的, 其与52号存在变化, 具体要查看本公众号文章《新旧对比〈农业产品征税范围注释〉》, 这里可得留意！
（一）免税具体范围
1、农业生产者销售的自产农产品
政策所依据的是, 《中华人民共和国增值税法》第二十四条规定, 存在下列项目是免征增值税的, 其一为农业生产者所销售的自产农产品。
《中华人民共和国增值税法实施条例》第二十六条规定, 增值税法第二十四条第一款第一项当中所讲的农业生产者, 指的是从事农业生产的单位以及个人, 而农产品指的是初级农产品。
财税字〔1995〕52号规定, 农业生产者所销售的自产农业产品, 是指直接从事植物种植、收割以及动物饲养、捕捞的单位和个人所销售注释里列出的自产农业产品, 详见财政部、税务总局公告2026年第9号附件1《适用9%增值税税率货物范围注释》中关于《农业产品征税范围注释》这里面所提及的内容。
2、由农民专业合作社来进行销售, 所售的是本社成员生产出的农业产品, 另外还包括面向本社成员所销售的农膜, 以及种子, 还有种苗, 以及农药, 再者就是农机。
政策所依之据为, 财税〔2008〕81号有着这样的规定, 其一对于那农民专业合作社而言, 若其销售本社成员所生产的农业产品, 此情形将被视同为农业生产者销售自身所产出的农业产品, 进而予以免征增值税。
3、从事蔬菜批发、零售的纳税人销售的蔬菜免征增值税
政策依据是, 《财政部 国家税务总局关于免征蔬菜流通环节增值税有关问题的通知》（财税〔2011〕137号）, 经过挑选操作, 经过清洗行为, 经过切分步骤, 经过晾晒过程, 经过包装举措, 经过脱水手艺, 经过冷藏方式, 经过冷冻等工序进行加工的蔬菜, 属于本通知所讲的蔬菜的范围。
4、于农产品批发、零售领域开展经营活动的纳税人销售出的部分鲜活肉蛋产品, 被给予免征增值税的待遇。
存在着这样一个, 关于政策依据的情况, 其具体为, 名为《财政部 国家税务总局关于免征部分鲜活肉蛋产品流通环节增值税政策的通知》的文件, 该文件编号为财税〔2012〕75号 , 在这个通知里有着这样一项规定, 那就是对于那些从事农产品批发、零售的纳税人而言, 其销售的部分鲜活肉蛋产品是被免征增值税的。
5、农膜；批发和零售的种子、种苗、农药、农机。
政策所依据的是, 《财政部 国家税务总局关于农业生产资料征免增值税政策的通知》, 其文号为财税〔２００１〕１｛｝３ 号。
6、“公司 + 农户” 的经营模式当中, 公司会进行回收, 之后再去销售畜禽, 而农户是按照委托养殖合同来饲养这些畜禽的。
政策所依据的是, 《国家税务总局关于纳税人采取“公司 + 农户”经营模式销售畜禽有关增值税问题的公告》, 此公告为国家税务总局公告2013年第8号。
7、在以下这些生产经营模式下, 制种企业所生产销售的种子: 其一, 制种企业借助自有土地或承租而来的土地, 雇佣农户或者雇工进而开展种子繁育工作, 随后经过烘干、脱粒、风筛等一系列深加工操作以后再去销售种子；其二, 制种企业提供亲本种子委托农户进行繁育最后从农户手里收回, 接着经过烘干, 脱水, 风筛等深度加工之后再出售种子。
政策所依据的是, 《国家税务总局关于制种行业增值税有关问题的公告》, 此公告为国家税务总局公告2010年第17号。
（二）上述之外的纳税人销售农产品增值税税率为9%。
政策所依之据为: 于《中华人民共和国增值税法》里, 第十条明规定, 纳税人在进行农产品销售之时, 其增值税的税率设定为9%。
二、销售农产品如何开具发票
（一）销售方开具发票
从事农业生产的自然人, 在销售自身所产农产品时, 能够经由税务局代为开具农产品销售发票, 或者自行于电子税务局进行发票开具, 其增值税税率栏标注为“免税”, 而农民专业合作社则能够自行开具。
如何通过全国统一规范电子税务局开具农产品发票？
1.自产农产品销售发票
那些从事自产农产品的纳税人, 并且已经在系统之内进行了归类, 他们能够借助全国统一规范的电子税务局, 也就是以下简称为“新电子税局”的那个平台, 去开具【自产农产品销售发票】, 进而享受增值税免税政策。
操作的步骤是, 连续地进行选择, 先选【新电子税局】, 接着选【我要办税】, 再选【发票使用】, 然后选【蓝字发票开具】, 随后选【立即开具】, 并且在“特定业务”当中去选择“自产农产品销售”。
（二）购买方开具发票
被收购的单位朝着以自然人为身份的农业生产者去购买其自身所产出的农产品之际, 会存在这样子一种发票, 它是由付款那个方向收款的一方去开具的, 这种发票上增值税税率那一栏所显示的表述是“免税”, 并且在这张发票票面的左上角位置有着“收购”这样的字样。
留意, 唯有从事农产品收购业务的企业, 当于税务部门完成“农产品收购企业”资质备案之后, 方可获取开具资格。
2.农产品收购发票
对从事农产品收购业务, 并且已在系统内完成归类的纳税人而言, 当向自然人买下其自产的农产品之际，能够借助新电子税局开具【农产品收购发票】, 进而享受增值税免税政策。
执行操作的步骤为, 先依次进行选择, 选择这样顺序的内容, 即【新电子税局】, 接着选择【我要办税】, 再接着选择【发票使用】, 然后选择【蓝字发票开具】, 最后选择【立即开具】, 之后在“特定业务”当中进行选择, 选择的是“农产品收购”。
留意要点: 在开具农产品收购发票之际, 需要精确填好被收购自然人的相关信息, 对于纳税人识别号而言, 要填写其身份证件所对应的号码。
1、关于基础信息, 购销双方的名称或者姓名, 货物的名称, 规格型号, 单位, 数量, 单价以及金额, 这些都需要如实填写好, 要和实际业务保持一致。
2、若涉及到自产农产品之处的地址电话, 其产地可要具体精确到县（区）, 还要能明确到乡（镇）, 甚至得细致到村（居委会）方面, 与此同时, 要填好与之相对应的联系电话。
3、规范方面的备注栏: 对于农业生产者去销售自己所生产的农产品这种情况的时候: 需要备注成 “自产自销”。
4、下面这些是留存备查资料: 从事农业生产的个人的身份证复印件, 要注明“与原件一致”并且签名；收购农产品的过磅单；入库单；收付款凭证等。
三、购进农产品如何抵扣进项
身为一般纳税人, 若是因生产, 或者因受托加工适用13%税率的货物, 进而所购进的农产品, 能够加计1%予以抵扣。
留意: 于批发、零售的环节之中，购进那些享受免征增值税这一政策优惠的蔬菜, 还有一部分鲜活的肉蛋, 所获取的普通发票是不可以当作进项税额抵扣凭证的, 并且也是不允许加计的。
关于政策, 《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》, 也就是财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号有规定, 其二、对于纳税人购进农产品, 原本适用10%扣除率的, 现在扣除率调整为9%。还有, 纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品, 要按照10%的扣除率来计算进项税额。
销售方
发票类型
税率
可抵扣税额
可加计税额
农业生产者
农产品销售发票
免税
票面金额*9%
票面金额*1%
农产品收购发票
免税
票面金额*9%
票面金额*1%
农民专业合作社
农产品销售发票
免税
票面金额*9%
票面金额*1%
一般纳税人
专票
9%
票面进项税额
票面金额*1%
普票
9%
不可抵扣
小规模
专票
3%
票面不含税*9%
票面不含税*1%
1%
票面进项税额
不可加计
普票
3%/
1%
不可抵扣
总结: 于购入当期, 依据农产品抵扣的一般规定, 以9%来计算抵扣进项税额；【务必严格留意】此项加计递减政策自2026年1月1日起已然取消；在生产领用时的当期, 若满足相应条件的, 领用时能够加计1%予以扣除。
四、农产品进项在增值税申报表中如何抵扣？
（一）可抵扣的农产品发票类型以及抵扣操作步骤
1、可抵扣的农产品发票类型
总结: 能够直接进入【抵扣类勾选】模块去进行勾选的有, 农产品收购发票, 电子发票服务平台所开具的自产农产品销售发票, 从一般纳税人那里取得的9%农产品专用发票, 海关缴款书。
其他类型的发票均需要特殊的操作步骤方可实现抵扣。
2、可抵扣的农产品发票抵扣操作步骤
在税务数字账号中【抵扣类勾选】模块勾选取得农产品发票
要是获取到了经由电子发票服务平台所开具的自产农产品销售发票（数电票）, 或者是农产品收购发票, 那么能够直接于【抵扣类勾选】这个模块开展勾选操作。
首先, 选择【新电子税局】, 接着, 选择【热门服务】, 之后, 选择【税务数字账户】, 然后, 选择【发票勾选确认】, 再然后, 选择【抵扣类勾选】, 随后, 点击【抵扣勾选】, 最后, 在【发票】模块当中选择对应发票。
在税务机关代开的农产品销售发票先补录操作
要是获取到税务机关代开的那种农产品销售发票, 并且系统没有自动归集到【抵扣勾选】这个模块, 又没归集到【待处理农产品发票】模块的时候, 那就得先去做补录操作, 做完补录操作之后, 接着再去做勾选。
操作步骤是, 要先依次进行选择, 选择【新电子税局】, 接着选择【热门服务】, 再选择【税务数字账户】, 随后选择【发票勾选确认】, 再之后选择【抵扣类勾选】, 然后选择【抵扣勾选】, 最后选择【发票】找到【代开农产品发票录入】, 点击它, 录入对应的“发票代码”以及“发票号码”之后提交验证, 完成这个操作后便能够返回勾选。
留意: 要是购进那种自己生产的农产品, 要是把它用于继续售卖并且依旧享受免税待遇的情况, 又或者是用于跟生产经营没有关联的用途, 那么对应的发票不可以去勾选从而抵扣增值税的税额。
增值税发票管理系统开具的自产农产品销售发票
假设获取到由增值税发票管理系统所开具的自产农产品销售发票（税控票）, 那么首先得开展【待处理农产品发票】的预处理操作, 之后才能够进行抵扣勾选。
操作的步骤是, 依次去选择【新电子税局】以及【热门服务】, 随后还要接着选择【税务数字账户】, 再之后进行选择【发票勾选确认】里面的【抵扣类勾选】, 然后点击【待处理农产品发票】以及【自产农产品销售发票】, 并且依据实际存在的情况来选出正确的“类型”, 在完成提交这个动作以后就能够返回回到勾选这一步骤。
从小规模纳税人处购进的3%农产品专票
倘若获取了源自小规模纳税人那里购进的按3%税率开具的农产品专用发票, 那么就需要先行开展【待处理农产品发票】的预先处理工作, 之后再去进行抵扣勾选操作。
操作的步骤是, 逐个选择【新电子税务局】, 接着选择【热门服务】, 再选择【税务数字账户】, 然后选择【发票勾选确认】, 随后选中【抵扣类勾选】, 点击一下【待处理农产品发票】再点击【从小规模处购进的3%农产品专票】, 依据如实的状况挑选正确的“类型”, 在完成提交之后就能够返回去进行勾选。
（二）农产品发票加计扣除申报操作
企业只有被归类成为农产品深加工状态的企业, 才能够去运用该模块, 并且是当月完成归类, 至于生效过程则是次月才行。对于那些农产品深加工企业而言, 在实际进行生产领用这个行为的时候, 可以额外多加扣除1%。
农产品类的发票
农产品类发票完成了所要求进行的抵扣勾选项目之后 , 若存在相应需求 , 便是按照规定流程开展农产品加计扣除勾选。
1.按下来到【农产品加计扣除勾选】处, 将“勾选状态”选定为【未勾选】, 依据自身需求输入对应条件或者挑选必要的相关查询条件, 最后点击【查询】。
2.假如能够进行加计扣除, 于“是否用于增值税加计扣除”这个栏次之中, 挑选【用于加计】这一选项, 填好【本次加计扣除税额】, 点击【提交勾选】按钮, 依据提示给出的信息对数据加以核对, 要是没有差错, 点击【确认】, 如此便完成了操作。
海关缴款书（进口农产品）
1.在你进行操作时, 先点击【农产品加计扣除勾选】, 接着点击【海关缴款书】, 之后要把“勾选状态”选择为【未勾选】, 再依据自身需求输入或者选择相关的查询条件, 随后点击【查询】, 如此一来, 在勾选操作区就会显示出符合查询条件的海关缴款书信息。
2.要是能够加计扣除, 于“是否打算用于增值税加计扣除”这个栏次那里，挑选【用于加计】, 按下【提交勾选】, 便达成了操作。
参考链接：
五、【12366热点问答】农产品电子税务局操作类高频问答
问：农产品进项在增值税申报表中如何申报？
当在税务数字账户里完成勾选抵扣这一操作之后, 点击那一系列步骤, 也就是【发票业务】, 接着点击【发票勾选确认】, 再戳【抵扣类勾选】, 随后点击【统计确认】, 以此来开展抵扣勾选的统计与确认这全部操作, 完成这些后才能进行增值税申报。在《增值税及附加税费申报表附列资料（二）》, 其中以下简述为〈附列资料(二)〉, 于相应栏次那儿填上进项金额, 如此主表就会自动带入相应的数据。
（1）若是凭农产品收购发票, 或者是自产农产品销售发票, 按照9%的扣除率来计算抵扣的情况, 则可抵扣的税额要填进《附列资料(二)》当中的第6栏。
（2）百分之九的专用发票所对应的可用于抵扣的税额, 要填写到《附列资料(二)》的第二栏当中。
（3）当初从小规模纳税人那儿购进农产品之际所获取的、有着3%征收率且是用于计算抵扣的专用发票, 其可抵扣税额要填进《附列资料(二)》的第6栏；要是按照票面税额予以抵扣那就填进第2栏。
（4）海关进口增值税专用缴款书, 能够用于抵扣的税额, 要填写到《附列资料(二)》的第5栏。
（5）实施了“加计扣除勾选”所对应的那部分税额, 要填入《附列资料(二)》的第8a栏中。
问, 于我公司而言, 其销售自身所生产的农产品, 已然开具了数电发票, 此发票类型为普通发票, 经由受票方查看, 在全量发票查询的模块当中能够找寻到它, 然而, 在用于抵扣的勾选模块里, 以及不进行抵扣的勾选模块之中, 却均无法找寻到该发票, 这究竟是出于何种缘由呢?
答: 要验证发票有没有“自产农产品销售”特有业务标签。要是没有标签, 就得依照下面步骤再次开具: 登录电子税务局, 点击【我要办税】, 接着点击【发票使用】, 再点击【蓝字发票开具】, 在选择【立即开票】功能模块后, 要在弹出界面里选择“特定业务”当中的“自产农产品销售”。
留意: 纳税之人要达成自有生产且自身销售农产品的身份类别划分, 划分完毕之后才能够开具携带有“自有生产农产品销售”特定业务标识的发票。
问: 于税务数字账户那儿开展发票抵扣勾选确认过后, 尚未去进行增值税纳税申报, 这种情形可否予以撤销了?
这个问题的答案是: 能够撤销。要是纳税人想要针对“已勾选（抵扣）”了的发票的状态作出调整, 只要选中“已勾选（抵扣）”的那些发票, 再点击【撤销勾选】就行。
问：农产品抵扣凭证加计扣除勾选需要做哪些操作呢？
答: 针对于农产品加计扣除勾选而言, 仅已被归类为农产品深加工企业的才能够运用该模块, 并且当月进行归类, 次月才会生效。对于农产品深加工企业来讲, 在实际开展生产领用（针对 13%税率产品）的时候, 方可加计扣除 1%。具体的操作情况如下:
（1）进入电子税务局, 点击【发票业务】, 再点击【发票勾选确认】, 接着点击【抵扣类勾选】, 之后点击【农产品加计扣除勾选】, 然后点击【发票】或者【海关缴款书】, 将“勾选状态”选定为【未勾选】, 依据需求输入或者挑选对应的查询条件, 最后点击【查询】。
（2）假如能够进行加计扣除, 于“是否用于增值税加计扣除”这一栏次当中, 挑选【用于加计】, 填好【本次加计扣除税额】, 点击【提交勾选】, 按照提示信息去核对数据, 要是没有差错, 点击【确定】, 如此一来便完成操作了。
问：海关进口增值税专用缴款书如何进行勾选抵扣？
答: 获取那种双抬头（缴款单位名称标明两家企业名称）的海关缴款书, 以及无法清分下发的单抬头（缴款单位仅注明一家企业名称）海关缴款书, 还有对清分结果存有异议的单抬头海关缴款书, 倘若如此, 那就得先开展如下这般的操作:
（1）电子税务局登录后, 点击【发票业务】, 接着点击【海关缴款书采集】, 之后点击【手动录入】按钮, 于弹出的“海关缴款书手工录入”对话框内录入海关缴款书信息, 或者点击【清单导入】, 下载批量导入文件模板, 于模板中填好需导入的海关缴款书信息后保存, 再点击【清单导入】, 选中已填写的清单文件, 随后点击【打开】执行批量导入。
（2）海关缴款书采集保存以后, 系统会自动发起稽核比对, 稽核比对结果是“不符”“缺联”“重号”的, 能通过【申请核对】提交审核, 对于无需采集录入的海关缴款书, 或者已采集录入且稽核比对结果为“相符”的, 点击【发票业务】-【发票勾选确认】-【抵扣类勾选】, 选择【海关缴款书】, 把勾选状态设为“未勾选”, 选择“填发日期（起）”“填发日期（止）”, 点击【查询】, 在勾选操作区进行勾选。
参考政策：
《中华人民共和国增值税法》第二十四
《中华人民共和国增值税法实施条例》第二十六条
《由财政部以及国家税务总局所发布的关于针对部分鲜活肉蛋产品于流通环节免征增值税政策的通知》, （其文件编号为）财税〔2012〕75 号。
那个涉及农业生产资料相关增值税征免政策的通知, 是由财政部以及国家税务总局联合颁布的, 这通知其文号为财税〔2001〕113号呀。
关于与农民专业合作社相关税收政策的那份通知, 是由财政部以及国家税务总局出台的, 其文号为财税〔2008〕81 号。
关于纳税人采用“公司 + 农户”经营模式售卖畜禽相关增值税情况的《国家税务总局公告》, 此公告编号为2013年第8号。
关于制种行业增值税有关问题的公告, 由国家税务总局发布, 其公告编号为国家税务总局公告2010年第17号。
《中华人民共和国发票管理办法》第二十一条、第三十五条
