从农业生产者购进的农产品免征增值税。一般纳税人以农产品销售发票或购货发票上注明的购货价格计算抵扣进项税，抵扣率为9%或10%。享受全流通免税的肉、蛋、蔬菜等不得抵扣进项税。小规模纳税人购进农业生产者销售的自产农产品，不得抵扣进项税，须按3%的税率缴纳增值税。

小规模纳税人实行简易计税，适用税率，不能抵扣进项税。一般纳税人实行一般计税，即销项税额-进项税额=应纳税额，可以抵扣进项税。因此我们重点分析如下：

1.向农业生产者收购自产农产品

1.农业生产者自产农产品免征增值税

根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第十五条第一款规定，

从事种植业、养殖业、林业、牧业、水产养殖业的单位和个人生产的初级农产品，免征增值税。

农产品应当是《关于农产品征税范围的通知》（财税[1995]52号）所列的初级农产品。

2.一般纳税人购进按核算抵扣进项税额

农产品相关发票可以是农户开具的农产品销售发票，也可以是一般纳税人开具的农产品收购发票。

进项税抵扣按9%计算，一般纳税人从农户购进农产品，进项税额按农产品销售发票上注明的金额乘以税率计算，如果一般纳税人销售的产品增值税税率为9%，那么计算抵扣的税率自然是9%。

进项税额抵扣按10%计算。一般纳税人购进农产品后，对外销售的税率为13%，这种情况下，税法规定这些企业在生产时可以按9%抵扣进项税额，在使用阶段再加扣1%，即总的抵扣率为10%。纳税人购进的农产品全部用于生产和销售13%的产品时，才可以抵扣10%。如果部分税额没有单独计算，就不能按10%计算抵扣，只能按9%的税率抵扣。

2.向农业生产者购买免税农产品，如肉、蛋、蔬菜等

根据《财政部 国家税务总局关于流通环节蔬菜免征增值税有关问题的通知》（财税[2011]137号）、《财政部 国家税务总局关于流通环节免征部分鲜活肉蛋制品增值税有关税收政策的通知》（财税[2012]75号）规定，对销售或者收购肉、蛋、蔬菜等农产品的整个流通过程免征增值税，卖方和买方均免税。

3. 从其他生产者购买农产品

一般纳税人销售不享受免税待遇的农产品，按照9%的税率开具增值税专用发票；小规模纳税人销售不享受免税待遇的农产品，按照3%的税率开具增值税专用发票；

国有粮食购销企业销售免征增值税的粮食、大豆，开具增值税专用发票。一般纳税人购进上述三类生产者生产的农产品，可以按照增值税专用发票上注明的金额抵扣进项税额，税率为9%或10%。