一、增值税

（一）进项税额

核查增值税专用发票的真实性与合法性：需确认开票方与收款方是否匹配，以及发票上所列货物是否与实际入库货物相符，避免使用存在不一致情况的发票进行进项税额的抵扣。

运输业发票在抵扣进项税额时的真实性及合法性需考虑：是否涉及非增值税应税项目、免税项目、集体福利或个人消费、非正常损失货物（劳务）或产品所耗用的购进货物（劳务）的运费抵扣；是否申报了与购销货物无关的运费抵扣进项税额；是否使用了国际货物运输代理业或国际货物运输发票进行抵扣；是否存在开票方与承运方信息不一致的运输发票抵扣进项；是否存在项目信息不完整的运输发票抵扣进项税额等情形。

是否存在违反规定未正确出具农产品收购统一发票用以申报抵扣进项税额的情形？这包括：擅自扩大农产品种类，将本应缴纳税收的非免税农产品（例如方木、枕木、道木、锯材等）错误地开具为免税农产品（如原木）；以及开具虚假的农产品收购统一发票，包括虚报数量、单价，从而骗取抵扣税款。

4.用于抵扣进项税额的废旧物资发票是否真实合法。

海关进口增值税专用缴款书是否真实有效，用以抵扣进项税额；同时，需要核实进口货物的种类和数量是否与实际生产需求相符合。

6.发生退货或取得销售折让是否按规定作进项税额转出。

对于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利及个人消费、非正常损失的货物或劳务、非正常损失的在产品以及产成品，在购进货物或劳务时，是否已按照规定进行了进项税额的转出处理。

是否存在将返利款项计入其他应付账款、其他应收账款等往来款项之中，或者抵扣营业成本，却未进行进项税额转出的情形。

（二）销项税额

销售收入的记录是否准确且及时：是否有以物换物或用货物抵债所获得的收入未被计入账目；是否有销售商品未开具发票，所获收入未按规入账；是否有销售收入长期挂账未转为收入；是否有收取外部单位或个人水、电、汽等费用时，未计入、少计收入或抵扣费用；是否有将应收取的销售款项，先用于支付其他费用（例如采购方的回扣、推销奖金、营业成本、委托代销商品的手续费等），然后才将剩余款项记为收入的情况。

是否存在将货物视作销售、未按法规准确计算销项税额的现象：将自产或委托他人加工的物品用于非增值税征税项目、集体福利或个人用途，例如食堂、宾馆、医院、托儿所、学校、俱乐部、家属社区等机构，未计算或减少应税收入；将自产、委托加工或购入的物品用于投资、分配、无偿捐赠、赠送，或将外购材料改变用途进行对外销售，同样未计算或减少应税收入。

是否存在出现违规开具的红字发票用以抵扣应纳税收入的现象：在发生商品退货或销售折扣时，所开具的红字发票及其账务处理是否遵守了税法的相关规定。

对购买方征收的额外费用，诸如手续费、补助金、集资费用、利润返还、奖金、违约赔偿金以及运输装卸费等，是否已依照规定缴纳了税费。

对于拥有两个或更多机构且实行统一核算的纳税人，若将货物从某一机构转移至另一机构（且不在同一县市范围内）进行销售，该行为是否应被视为销售行为处理？

6.对逾期未收回的包装物押金是否按规定计提销项税额。

7.是否有应缴纳增值税项目的业务按营业税缴纳。

关于增值税混合销售行为的纳税问题：需考察依据税法规定应视为销售征税的行为是否已依法缴税；对于从事货物运输业务的个人或企业，在销售货物的同时承担运输责任，其混合销售行为是否已依照规定缴纳了增值税。

对于同时经营非增值税应税项目的纳税人，需否按照规定对货物或应税劳务的销售额与非增值税应税项目的销售额进行独立核算；若未能进行独立核算或无法准确核算，是否应按照主管税务机关核定的货物或应税劳务的销售额来缴纳增值税。

根据增值税相关法律规定，对于代购商品以及代理进口商品的行为，需考察其是否已缴纳相应的增值税。

免税货物的核算是否符合法律规定：对于免征增值税的货物或应税劳务，是否遵守了税法的相关规定；是否存在擅自扩大免税范围的情况；对于同时经营免税项目的增值税一般纳税人，其免税金额以及不予抵扣的进项税额的计算是否精确。

二、企业所得税

各项应税收入是否已完全依照税法规定缴纳了税款，各项成本及费用是否已依照所得税税前扣除的规定在税前进行了列支。在具体操作中，至少需要考虑以下问题：

（一）收入方面

1.企业资产评估增值是否并入应纳税所得额。

企业是否需将境外投资所得纳入当期应纳税所得额进行计算。

持有上市公司的非流通股份，即限售股，在解禁环节之后，若将其出售，所获得的收益，是否应当纳入应纳税所得额的范畴内。

企业是否已经按照权责发生制原则，对所获得的各种收入进行了准确的税务确认？

是否存在通过使用往来账户、中间科目，比如“预提费用”，来推迟应税收入的实现或调整企业的利润；此外，对于收取的授权生产费用、商标权使用费等收入，是否已经纳入应纳税所得额的计算之中。

6.取得非货币性资产收益是否计入应纳税所得额。

7.是否存在视同销售行为未作纳税调整。

是否存在减免流转税、各项补贴以及政府奖励的情况，这些是否未按照规定被纳入应纳税所得额的计算中。

是否存在捐赠所得的货币资产以及其他非货币性财产，这些资产并未被纳入应纳税的收入总额中。

企业是否已经按照地区税率差异，对分回的投资收益所应缴纳的企业所得税进行了补缴。

（二）成本费用方面

1.是否存在利用虚开发票或虚列人工费等虚增成本。

2.是否存在使用不符合税法规定的发票及凭证，列支成本费用。

需考察是否存在未计入账目的“返利”行为，例如，是否通过接受本企业之外的销售单位开具的发票进行货币返利，并将此类返利计入成本。

4.是否存在不予列支的应由其他纳税人负担的费用。

5.是否有将资本性支出一次性纳入成本费用：对于成本费用中一次性支出且达到固定资产标准的物品，未进行纳税调整；至于达到无形资产标准的管理系统软件，则是在营业费用中一次性计入，同样未进行纳税调整。

企业支付的工资和薪金是否与税法规定的工资薪金标准相符，是否遵循了合理性原则，以及是否在申报扣除的年度内实际发放。

是否存在职工福利费、工会经费以及职工教育经费的计提金额，若超出税收规定的标准，是否已对纳税额进行了相应的调整。

是否存在对职工支付的社会保险费和住房公积金超出标准或范围，且未进行相应的纳税调整？是否存在基建工程或专项工程应承担的社会保险等费用未予以资本化处理的情况？是否存在仅提出费用而不实际缴纳、或者多提费用而少缴费用等造成成本费用虚列的问题？

9.是否存在擅自改变成本计价方法，调节利润。

是否存在未依照税法规定的年限进行折旧计提；是否擅自调整固定资产的净残值和折旧期限；是否未依照税法规定的折旧方法进行折旧计提等情形。

是否存在超出规定标准的业务招待费用、广告费用以及业务宣传费用，这些是否已经进行了相应的纳税调整处理。

是否存在违规行为，如擅自拓宽研究开发费用支出范畴，以及违规进行额外扣除等问题。

是否存在对不符合国务院财政、税务部门规定的各类资产减值准备、风险准备金等项目的扣除支出。

是否存在借款利息支出超出按金融机构同期贷款利率计算所得金额，且未对纳税进行相应调整的情况；是否存在应计入资本化的利息支出；以及关联方的利息支出是否满足相关法规要求。

是否存在某些资产虽然已经进行了损失处理，但部分或全部款项尚未纳入纳税调整；同时，是否存在因自然灾害或意外事故导致的损失，其中获得补偿的部分也尚未进行纳税调整。

手续费及佣金支出的扣除是否合规，需考虑是否将回扣、提成、返利、进场费等纳入其中；此外，还需确认收取费用的对象是否为具备合法经营资质的中介机构或个人；最后，还需核实税前扣除的比例是否超出了税法规定的上限。

对于不符合规定或超出标准的公益救济性捐赠，是否已经进行了相应的税务调整，尚不得而知。

子公司向母公司缴纳的管理性服务费用是否符合相关规定，需考虑以下几点：服务内容、收费标准及具体金额是否已在合同或协议中明确；母公司是否确实提供了相应的服务；以及子公司是否已经实际支付了这笔费用。

是否采用融资租赁手段引入的固定资产，等同于经营性租赁处理，导致费用分摊增加，但未对此进行相应的税务调整。

是否依照国家相关法规划拨了专款用于环保和生态修复；若专项资金用途发生变更，是否已对税收进行了相应的调整。

（三）关联交易方面

需考察是否存在关联企业间进行交易，却未按独立企业间的交易规则来确定价格或费用，从而造成应纳税所得额和应纳企业所得税的降低现象。

（四）扣缴预提所得税

国内企业在向海外投资者支付红利时，是否依照相关法规代为扣除并缴纳了预提的所得税。

三、个人所得税

对个人所收各类应税收入，需严格审查其是否已按照法律规定代扣代缴个人所得税。

（一）为职工发放的年金、绩效奖金。

（二）为职工购买的各种商业保险。

（三）超标准为职工支付的养老、失业和医疗保险。

（四）超标准为职工缴存的住房公积金。

（五）以报销发票形式向职工支付的各种个人收入。

（六）车改、通信补贴。

（七）为职工个人所有的房产支付的暖气费、物业费。

关于股票期权带来的收入，若企业实施了员工股票期权方案，那么当员工行使期权并从中获得收益时，这部分差价所得是否需要按照工资薪金所得的规定来缴纳个人所得税。

（九）以非货币形式发放的个人收入是否扣缴个人所得税。

（十）企业为股东个人购买汽车是否扣缴个人所得税。

对于赠送给其他单位个人的礼品以及礼金，是否依照规定进行了个人所得税的代扣代缴处理？

（十二）是否按规定履行全员、全额代扣代缴义务。

四、房产税

（一）土地价值是否计入房产价值缴纳房产税。

（二）需考察房屋的附属设施是否已包含在房产的原有价值中，并据此缴纳相应的房产税。

（三）未竣工验收但已实际使用的房产是否缴纳房产税。

（四）无租使用房产是否按规定缴纳房产税。

（五）应予资本化的利息是否计入房产原值缴纳房产税。

五、土地使用税

在土地的实际面积与持有土地使用证所标示的面积不一致时，我们应如何根据实际的土地面积来缴纳土地使用税？

六、印花税

是否存在对合同性质的误判，是否采用过低的税率或擅自降低计税基础，是否未按照合同所列全部金额进行纳税，是否将应纳税凭证错误地归类为非税凭证，从而导致印花税的漏缴。

在凭证设立或领取阶段未进行贴花操作，而是推迟至凭证正式生效日才贴花，这造成了印花税缴纳的延迟。

（三）增加实收资本和资本公积后是否补缴印花税