国家政策规定，从事农产品批发、零售的纳税人销售部分鲜活肉蛋产品可免征增值税。从事农产品批发、零售的纳税人只能开具零税率的普通发票。对于部分下游食品加工企业，从农产品批发企业采购原材料后，由于无法取得增值税专用发票，这给增值税进项税的抵扣带来了很大困扰。接下来我们具体分析如何解决这一问题。

一、对直接从农户或农业合作组织收购的农产品

农产品加工企业会向家户以及农业使用组织去收购农产品，同时会向农户或者农业合作组织开具农产品收购发票。

当收购的农产品用于加工生产 13%税率的产品时，可依据农产品收购发票上所注明的买价乘以 10%来进行增值税抵扣；而当收购的农产品用于加工其他产品时，就按照农产品收购发票上注明的买价乘以 9%来进行抵扣。

二、向从事农产品批发的企业购买农产品

向从事农产品批发企业购买的农产品的，有两种抵扣方式：

方式一

根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条规定：

纳税人购进货物时所支付或者负担的增值税额，是进项税额；纳税人购进劳务时所支付或者负担的增值税额，是进项税额；纳税人购进服务时所支付或者负担的增值税额，是进项税额；纳税人购进无形资产时所支付或者负担的增值税额，是进项税额；纳税人购进不动产时所支付或者负担的增值税额，是进项税额。

下列进项税额准予从销项税额中抵扣：

(一)从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额。

海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额是从海关获取的。

购进农产品时，若未取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书，需按照农产品收购发票或者销售发票上所注明的农产品买价，以及 11%的扣除率来计算进项税额，不过国务院另有规定的情况除外

方式二：

《财政部 国家税务总局关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的通知》规定，食品加工企业从农产品流通企业采购原材料进行加工时，会实行核定征收。其具体的核定比例是由所在地来决定的。