最常见的计算方式是：可抵扣的进项税额等于不含税价格乘以适用的税率，或者等于含税价格除以（1加上适用税率）再乘以适用税率。

以109元的价格采购运输服务，将原材料运送至公司仓库，此笔支出所对应的可抵扣进项税额计算方法为：先求出不含税价，即含税价除以（1+税率），再乘以税率，具体计算为109元除以（1+9%），再乘以9%，最终结果为9元。

会计分录一般为：

借：原材料 100

应交税费——应交增值税（进项税额）9

贷：银行存款109

因此，若该原材料因使用目的调整（例如遭遇异常损耗）而需进行进项税额的转出操作，那么运输费用的进项税额转出金额，即等于原材料账面价值乘以税率，即100元乘以9%，计算结果为9元。

第二类情况较为罕见，对于非试点纳税人而言，在采购免税农产品时，其可抵扣的进项税额等于购买价格乘以相应的扣除比率。

从农业生产者手中以100元的价格购入原材料，并经过公司验收入库后，该笔交易可抵扣的进项税额为买价的9%，即100元乘以9%，计算结果为9元。

会计分录一般为：

借：原材料91

应交税费——应交增值税（进项税额）9

贷：银行存款100

因此，若该原材料因用途调整（例如因管理不善而变质）需进行进项税额的转出，那么免税购入的农产品进项税额转出计算方式为：原材料账面价值除以（1减去扣除率），再乘以扣除率，即91除以（1减去9%），再乘以9%，结果为9。

第三类更不常见：试点纳税人农产品进项税额核定扣除

依据农产品使用的性质，依照特定公式统一核算出本期的应抵扣进项税额；此处的应抵扣进项税额与本期实际采购活动无直接关联，它是由公式直接得出的数值，代表本月农产品采购所能抵扣的总税额；此类情况并不涉及进项税额的转出。具体计算可抵扣税额的方法分为以下三种用途：

1.购进农产品为原料生产货物

投入产出法\成本法\参照法

1.1 投入产出法

当期可抵扣的农产品增值税进项税额，等于当期所消耗的农产品数量，乘以这些农产品的平均购买价格，再乘以适用的扣除率，最后除以（1+扣除率）这一数值。

其中，当期农产品耗用量等于当期销售的商品数量（不包含用于生产除农产品之外的其他半成品的采购货物）乘以每单位商品所需的农产品数量。

③扣除率为生产产品适用的税率

1.2 成本法

当期可抵扣的农产品增值税进项税额等于当期主营业务成本乘以农产品耗用率，再乘以扣除率，最后除以（1+扣除率）。

在此，产品耗用率可计算为：前一年用于生产的农产品外购费用除以前一年的生产总成本。

③扣除率为生产产品适用的税率

1.3 参照法

对于新设立的试点纳税人或其新增的产品，可以参考与其所属行业或生产结构相似的其他试点纳税人，来决定农产品的单耗量或耗用率，然后依据1.1的投入产出法或1.2的成本法，计算出当期可抵扣的农产品增值税进项税额。

2.购进农产品直接销售

当期可抵扣的农产品增值税进项税额，计算方法为：首先，将当期销售的农产品数量除以（1减去损耗率），得到调整后的销售数量；接着，将此调整后的数量乘以农产品的平均购买单价；然后，再乘以适用的税率；最后，将上述结果除以（1加上适用税率）。

②其中：损耗率=损耗数量/购进数量×100%

生产经营所用且非货物本身的物品（例如包装材料、辅助用品、低值易耗品等）。

本期可抵扣的农产品增值税进项税额，等于本期所耗用的农产品数量，乘以这些农产品的平均购买价格，再乘以相应的税率，最后除以（1加上税率）。